1) лиганда, который связывает POI;
2) лиганда для рекрутирования убиквитинлигазы E3 (элемент рекрутинга E3; E3RE) для стимуляции убиквитинирования POI;
3) линкера, соединяющего эти лиганды (рис. 1а) [7–11].
На сегодняшний день существует более 100 отчетов, описывающих использование PROTAC для целенаправленной деградации белков и их применение в химической биологии и разработке лекарств.
Подход молекулярного докинга может быть использован для моделирования взаимодействия между небольшой молекулой и белком на атомном уровне, что позволяет характеризовать поведение малых молекул в месте связывания целевых белков, а также освещать фундаментальные биохимические процессы [1]. Процесс стыковки предусматривает два основных этапа: предвидение конформации предусматривающей нахождение лиганда, его положения и ориентации в этих участках и оценку родственных связей.
……………………………………………………….